در بخش حمل و نقل هوايي، استان اصفهان داراي پنج فرودگاه، شامل فرودگاه شهيد بهشتي، هسا، بدر ، كاشان و وطن‌پور مي‌باشد كه تنها فرودگاه شهيد بهشتي در زمينه حمل و نقل عمومي فعاليت داشته و ساير فرودگاه‌ها به صورت خصوصي و عمدتاً داراي كاربري‌هاي نظامي مي‌باشند. در حال حاضر حمل و نقل هوايي در استان در بين ساير بخش‌ها از نظر حمل مسافر ، پس از حمل و نقل جاده‌ا ي در رتبه دوم و از نظرحمل بار، با سهمي اندك از جابجايي بار، در رتبه سوم قرار دارد.